۱۲- به مدت ۱ دقیقه میکروتیوب را در ۰۰۰/۱۵ دور سانتریفیوژ کرده تا تمامی ترکیبات جامد ته نشین شود . اینک محلول رویی حاوی DNA تخلیص شده است.
۳-۵-۲ لایگیشن
برای اتصال DNA ناحیهC2 پروتئینALCAM استخراج شده از ژل، با پلاسمید بیانی pet-28a در آزمایشگاه از آنزیم لیگاز[۵۱] استفاده می شود که می تواند اتصالات فسفودی استری شکسته شده را ترمیم کند. این آنزیم از فاژ T4 استخراج شده است و انرژی لازم برای فعالیت خود را از ATP تامین می کند و می تواند هم انتهاهای صاف و هم چسبنده را به هم متصل کند.
(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))
روش انجام این عمل به شکل زیر است:
۱- محتویات واکنش را بصورت زیر مخلوط می کنیم.
بافر لایگیشن x 10 : 3 میکرولیتر
آب استریل: ۹ میکرولیتر
DNA لیگاز T4 : 1 میکرولیتر
پلاسمید Pet-28a : 2 میکرولیتر
Insert (DNA ناحیهC2 پروتئینALCAM) : 15 میکرولیتر
حجم نهایی: ۳۰ میکرولیتر
نکته : در آخرین مرحله آنزیم T4، DNA لیگاز اضافه شود. چون اگر بعد از اضافه کردن آنزیم T4 ، محلول برای مدت طولانی در محیط بماند با توجه به قدرت بالای اتصال T4 اتصال های که مورد نظر ما نیست اتفاق خواهد افتاد.
۲- به کمک دستگاه ترموسایکلر میکروتیوب حاوی مخلوط واکنش را به مدت ۴ ساعت در ۱۶ درجه سانتیگراد سپس به مدت یک شب در دمای ۴ درجه سانتیگراد قرار می دهیم .
۳-۵-۳ ترانسفورماسیون
برای این مرحله از سویه E.coli BL21(DE3) که یکی از رایج ترین سویه های کلونینگ است استفاده می کنیم . این باکتری به تنهایی حساس به کانامایسین است ولی وقتی وکتور pet-28a را جذب می کند نسبت به آنتی بیوتیک مقاوم شده و بر روی آگار حاوی کانامایسین رشد، و تشکیل کلونی می دهد .
۳-۵-۳-۱ آماده سازی سلول های شایسته
۱- باکتری در محیط کشت فاقد کانامایسین کشت داده شد.
۲- پس از ۲۴ ساعت نگهداری در انکوباتور ، یک تک کلونی را برداشته و به ۵ میلی لیتر محیط LB مایع بدون کانامایسین تلقیح می کنیم و سپس به مدت یک شب تا صبح(over night) در شکیرانکوباتور قرار می دهیم تا باکتری رشد کنند.
۳- ۴۰۰ میکرولیتر از محیط فوق را به ۵ میلی لیتر محیط LB مایع تازه تلقیح نموده و مجددا در شیکرانکوباتور قرار می دهیم . ۲ تا ۳ ساعت بعد محیط کدورت مناسب یعنی جذب ۵/۰ تا ۸/۰ در۵۰۰ نانومتر را به ما می دهد.در این حالت باکتری ها در مرحله فاز رشد لگاریتمی قرار دارد.
۴- باکتری هایی که تازه شده و در فاز لگاریتمی تکثیر می باشند را در چند میکروتیوب استریل تقسیم کرده و ۵ الی ۱۰ دقیقه روی یخ نگه می داریم .
۵- میکروتیوب ها را ۳ دقیقه در ۹۰۰۰ دور سانتریفیوژ می کنیم.
۶- مایع روئی را دور ریخته و رسوب باکتری را در یک میلی لیتر محلول استریل ۱/۰ مولار کلرید کلسیم حل می کنیم .
۷- ۲۰ تا ۳۰ دقیقه محلول مذکور را روی یخ انکوبه می کنیم .
۸٫سپس محلول را به مدت ۳ دقیقه در۹۰۰۰ دور سانتریفیوژ می کنیم. و محلول روی را دور ریخته
۹- این بار رسوب را در ۶۰۰ میکرولیتر محلول کلرید کلسیم استریل ۱/۰ مولار حل می کنیم .
۱۰- ۲۰ تا ۳۰ دقیقه محلول را روی یخ انکوبه می کنیم.
۱۱- سپس محلول را به مدت ۳ دقیقه در۹۰۰۰ دور سانتریفیوژ می کنیم. و محلول روی را دور ریخته
۱۲- رسوب را در ۳۰۰ میکرولیتر محلول کلرید کلسیم استریل حل میکنیم.
۱۳- به مدت ۲۰ دقیقه محلول را بر روی یخ قرار می دهیم.
این باکتری ها را می توان برای مدت ۷۲ ساعت روی یخ در یخچال نگهداری کرد و همچنین می توان با افزودن گلیسرول استریل ۳۰ درصد آن ها را در ۷۰- درجه سانتیگراد به مدت چند ماه نگهداری کرد .
۳-۵-۳-۲ ترانسفورماسیون سلول های شایسته E.coli BL21(DE3) با محصول لایگیشن به روش شوک حرارتی
۱- ابتدا ۱۰۰ میکرولیتر از سلول های مستعد E.coli BL21(DE3) را روی یخ ذوب می کنیم.
۲- ۳۰ میکرولیتر از محصول لایگیشن را به ۱۰۰ میکرولیتر از سلول های مستعد اضافه می کنیم به طوری که کاملا با هم مخلوط شوند.
۳- این مخلوط را به مدت ۳۰ دقیقه بر روی یخ انکوبه می کنیم.
۴- نمونه ها را به مدت ۹۰ ثانیه در بن ماری ۴۲ درجه سانتیگراد قرار می دهیم و بلافاصله به مدت ۵ دقیقه روی یخ قرار می دهیم، بدون حرکت و کاملا ثابت.
۵- مخلوط فوق را به ۹۰۰ میکرولیتر از محیط LB مایع فاقد کانامایسین افزوده و آن را به مدت ۵/۱ ساعت در شیکر انکوباتور ۳۷ درجه قرار می دهیم تا باکتری های ترانسفورم شده بتواند شروع به تکثیر نمایند.
۶- مخلوط فوق را به مدت ۳ دقیقه در ۹۰۰۰ دور سانتریفیوژ می کنیم .
۷- ۸۰۰ میکرولیتر از مایع روئی را دور ریخته و رسوب را در ۲۳۰ میکرولیتر باقی مانده، به خوبی حل می کنیم .
۸- ۲۳۰ میکرولیتر را روی یک پلیت حاوی LB آگار کانامایسین دار ریخته و کشت سه قسمتی می دهیم ، اجازه می دهیم کاملا جذب محیط شده و سپس آن ها را به مدت ۱۸ تا ۲۰ ساعت در انکوباتور ۳۷ درجه نگهداری می کنیم .
۳-۵-۴ ارزیابی کلونی ها
پس از مدت۱۸ تا ۲۰ ساعت در انکوباتور باکتری BL21 بر روی محیط کشت تشکیل کلونی می دهد. یک تک کلونی را جدا کرده و در ۵ میلی لیتر محیط LB براث کانامایسین دار تلقیح می نمائیم و به مدت
یک شب در ۳۷ درجه و با سرعت مناسب در شیکر انکوباتور قرار می دهیم. با رشد باکتری در این محیط تایید می شود که باکتری Bl21(DE3) ، پلاسمید بیانی pet-28a حاوی ژن ما را دریافت کرده است.
۳-۵-۵ استخراج پلاسمید بیانی pet-28a حاوی ژن ناحیه C2 پروتئیین ALCAM
جهت تایید وجود پلاسمید pet-28a در باکتری و عدم وجود هرگونه آلودگی در محیط کشت نیاز است که وجود پلاسمید مورد نظر تایید شود، بدین منظور از محیط کشت حاوی باکتری ترانسفورم شده BL21(DE3) استخراج پلاسمید صورت گرفت.
۱- از محیط کشت حاوی باکتری ترانسفورم شده که به مدت یک شبانه روز در دمای ۳۷ درجه انکوبه شده است و کاملا بصورت کدر درآمده است ، ۵/۱ میلی لیتر جدا کرده و داخل میکروتیوب ۵/۱ می ریزیم.
۲- سپس به مدت ۳ دقیقه در ۹۰۰۰ دور سانتریفیوژ می کنیم .
۳- محیط روئی را دور ریخته و باکتری در ته میکروتیوب رسوب می کند .
نکته:
برای استخراج غلظت بالاتری از پلاسمید می توان مراحل قبل را تکرار کرد.